Aventura

• Se corrigió el error que alteraba el progreso de la historia al usar Vuelo para omitir el último diálogo con Henri en Mt. Stratus tras el clímax del Team Fusion.
• Desafiar de nuevo la Liga de Johto ya no afecta negativamente al progreso de la historia.
• Hablar con la recepcionista de la tercera liga, si ya ha sido completada, ahora corrige la "flag" de la historia actual (esto soluciona el problema de la cueva cerrada de Articuno, entre otros detalles).
• Se bloqueó la posibilidad de atravesar y saltar el Bosque Sinistrus.

Ajustes en Movimientos y Mecánicas

• Move sets de MT y Tutores actualizados para incluir la disponibilidad de la 9ª Generación (hasta el DLC de Leyendas: Z-A).
• Bola Neblina y Resplandor mejorados a la potencia de 9ª Generación (de 70 a 95).
• Estados de quemaduras, sueño y parálisis actualizados a los estándares modernos.
• Movimientos de atrapamiento (Giro Fuego, Torbellino, etc.) ahora duran de 4 a 5 turnos y causan más daño por turno.
• Se corrigió el error (proveniente del parche de división de físico/especial) donde solo los ataques de fuego especiales descongelaban al rival.

Dificultad y Entrenadores

• Se ajustaron algunos gimnasios iniciales y entrenadores importantes para reducir ligeramente la dificultad (el Jumpluff de Leif cambió a Skiploom; el Snorunt de Irene cambió a Glalie).
• La IA de todos los entrenadores es más fuerte a partir de Johto.
• El rango de visión de algunos entrenadores volvió a 7b (principalmente los estáticos), permitiendo volver a pasar a hurtadillas detrás de ellos.

Interfaz y Rendimiento

• Corregido el error de desplazamiento (scroll) en la Pokédex.
• La animación de entrada al combate es más rápida.
• El texto de batalla ahora es ligeramente más rápido.
• Las barras de PS grandes se vacían más rápido al recibir daño.
• Se eliminó la comprobación inalámbrica del Centro Pokémon (y el lag que esto causaba).
• Las Naturalezas ahora usan flechas arriba/abajo en lugar de + y -.

Objetos y Tiendas

• Se eliminaron casi todas las MT duplicadas (reemplazándolas por MT que antes no estaban disponibles sin el CD).
• La MT 50 Sofoco oculta en Geminite River ahora es más evidente (requiere Surf).
• Cambios en objetos del suelo: Antiparaliz para Más PP (Stormy City); Poké Ball para Éter (Mt. Stratus antes de la 4ª medalla); Poción para Revivir (Nichside Cove); Más PP para Máx. PP (Mt. Mortar y Calle Victoria).
• Nuevos objetos en tiendas: Antídoto por Superpoción (New); Éter y Elixir añadidos en Northcoast Town; Elixir Máx. y Éter Máx. añadidos en la Liga Tunod, Pueblo Primavera e Isla Reefen.

Encuentros y Pokémon Especiales

• Nivel del Trío Regi aumentado de 40 a 50; Regigigas de 50 a 60.
• La probabilidad de aparición de Zoroark en la Zona Safari de Tunod aumentó de 1/40 a 1/4.
• Ratio de captura de Jirachi mejorado.
• Porygon es ligeramente más común en la Central de Energía de Oceanview City.
• Victini ahora conoce Ataque Fullgor y Llama Azul al obtenerlo.
• Se enfatiza que el jugador puede abandonar el Reto del Faro en cualquier momento.

Correcciones Menores

• Pequeños ajustes en tiles (mapeado).
• Corrección de otros errores menores (bugs).